在近未來(lái)的城市“心園市”里,，無(wú)論是大人還是小孩都熱衷于AR決斗,。所謂的AR（Augmented Reality/增強(qiáng)現(xiàn)實(shí)）決斗，就是使用D視眼和D面板來(lái)決斗,，并通過(guò)使用這兩件道具,，從地面,、天空,、還有從建筑物里真實(shí)地飛出怪獸進(jìn)行交鋒的超大魄力決斗,！

　　在心園市生活的主人公·九十九游馬也熱衷于卡片決斗，但水平只是初學(xué)者等級(jí)的連敗者,。以某事件為契機(jī),，游馬與學(xué)校頭號(hào)不良少年·神代凌牙以決斗對(duì)決。這場(chǎng)決斗,，將游馬的命運(yùn)大大改變……,！這場(chǎng)激斗中，總在游馬的夢(mèng)里出來(lái)的詭異大門(mén)突然出現(xiàn),。緊緊關(guān)閉的大門(mén)被打開(kāi)的瞬間,，無(wú)數(shù)光芒溢出，抬頭一看身旁……那里站著從異世界來(lái)的神秘生命體·星光體（Astral）,！為了取回Astral丟失的記憶，取回99張“No.卡”,，2人開(kāi)始一起行動(dòng),。

　　星光體出現(xiàn)的真正目的是什么？而新的怪獸“No.怪獸”這一存在又到底是何方神圣,？強(qiáng)力競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手陸續(xù)在游馬面前出現(xiàn),，而Astral身上的謎團(tuán)也逐漸明朗化。由這個(gè)組合締造的新決斗傳說(shuō),，如今揭開(kāi)序幕,！

　　WDC（世界決斗狂歡節(jié)）閉幕，心園市迎來(lái)和平,。游馬和Astral也與同伴們一起回到校園生活,，享受決斗,。

　　另一方面在那背后，盯上Astral的記憶碎片“No.卡”的敵人在暗中活動(dòng),。那就是跟星光世界敵對(duì)的巴利安世界,。他們以讓超量怪獸混沌化的“RUM（升階魔法）”為王牌，阻擋在游馬他們面前,！游馬和Astral,，對(duì)巴利安遠(yuǎn)超想像的決斗感到驚愕……

　　在這個(gè)危機(jī)下，被游馬“想救星光體世界,！”的強(qiáng)烈決心打動(dòng)的天城快斗和神代凌牙再次集結(jié),。3人將與同伴的羈絆記于心中，驅(qū)使王牌挑戰(zhàn)決斗,！游馬和Astral的新的戰(zhàn)斗,，從這一刻開(kāi)始！,！

　　Astral依舊和游馬一起為保衛(wèi)No.卡和巴利安對(duì)抗,。由于貝庫(kù)塔假扮成真月一事，導(dǎo)致Astral和游馬徹底“決裂”,，并且黑化,，奪走了ZEXAL的主動(dòng)權(quán)。但在游馬的不懈努力下,，Astral最終恢復(fù),。

　　但是Astral消失了，但他還活著在星光體世界,，游馬決定去找他,。

　　游馬受到快斗他們支援，啟程到星光世界去了,。好不容易到達(dá)的卻是什么都沒(méi)有的世界,，游馬雖對(duì)此感到吃驚但還是往前走想找到Astral，突然有5道光芒伴隨沖擊一起出現(xiàn)在他那里,！

　　在純潔的星光世界里,，游馬作為混沌性的存在，被星光世界的意志盯上,。那時(shí)救了游馬的是過(guò)去放入父親一馬卡組的‘彩虹栗子球’,！前途多難的冒險(xiǎn)拉開(kāi)序幕的游馬，與彩虹栗子球一起面對(duì)星光世界的意志,。

　　與多次來(lái)襲游馬的星光世界的意志——埃利法斯的決斗開(kāi)始了,！以升階為目標(biāo)的星光世界，其抽卡全部被稱(chēng)為‘閃光抽卡’埃利法斯不斷召喚升階怪獸，對(duì)游馬窮追猛打,！

　　游馬為了救命中注定因遇游馬而滅的Astral,，拼死展開(kāi)攻防，可是還是逃不出埃利法斯的升階怪獸猛攻,！

　　埃利法斯召喚的升階怪獸面前,，游馬不退縮而繼續(xù)戰(zhàn)斗。他心里只是一心一意地想要救Astral,！就像在支援游馬他那份心意,，彩虹栗子球出手解救危機(jī)。

　　與埃利法斯決斗而陷入苦戰(zhàn)的游馬面前,，居然出現(xiàn)13階的‘新序系·以太阿門(mén)’?。“l(fā)出壓倒性強(qiáng)度的怪獸效果,，把游馬逼向絕望的深淵……,！

　　一心想救Astral而拼命作戰(zhàn)的游馬，眼看已經(jīng)遍體鱗傷就要倒下了……可是,，火熱燃燒的“毅飛沖天”精神試圖生出新的奇跡,！

　　正當(dāng)游馬在星光世界展開(kāi)戰(zhàn)斗的時(shí)候，地上的世界各地發(fā)生著暴動(dòng),。多達(dá)100萬(wàn)張的偽“No.卡”分散到全世界,，世界充滿(mǎn)了拿到那些‘No.’的人們所發(fā)出的不祥之氣。

　　推測(cè)這個(gè)狀況是巴利安所為的Ⅲ他們面前,，以前折磨快斗和陽(yáng)斗的心城先生現(xiàn)身了,！快斗代替游馬和Astral打算守護(hù)這個(gè)世界，他接受與心城先生的因緣決斗……,！可是,，心城先生的手中掌握新的‘No.’。

　　巴利安世界和人類(lèi)世界的融合開(kāi)始,，快斗全身承受“巴利安球狀場(chǎng)地”的負(fù)荷,！再加上，由于巴利安的陷阱而遭受其數(shù)百倍沖擊,，已經(jīng)是連站也站不起來(lái)了……,。

　　那時(shí)，達(dá)成讓Astral復(fù)活的游馬出現(xiàn),！心城先生不禁感到震驚。像以前快斗救了自己決斗時(shí)那樣,，游馬也與Astral一起接替這場(chǎng)決斗,，挑戰(zhàn)與心城先生的最終決戰(zhàn)！

　　伴隨沖擊一起出現(xiàn)在游馬他們面前的巴利安七皇。那里貝庫(kù)塔和德魯貝他們旁邊,，作為同伴并肩作戰(zhàn)的鯊魚(yú)和璃緒也并列一排……,！

　　游馬對(duì)這事態(tài)感到混亂，他向鯊魚(yú)拼命訴說(shuō),，但那里卻不再是以前鯊魚(yú)的身影,，站著的只有那個(gè)名叫納修的七皇。

　　游馬的皇之鍵與鯊魚(yú)的吊墜共鳴之時(shí),，游馬看見(jiàn)鯊魚(yú)過(guò)去的記憶,，在過(guò)度的沖擊下昏迷過(guò)去！游馬他們迫不得已撤退之際,，以前展開(kāi)激斗的眾多決斗者集結(jié)來(lái)救他們……,！

　　就在世界陷入混亂之時(shí)，在所有人都沒(méi)察覺(jué)下,，在某處的某個(gè)地方發(fā)生了時(shí)間與空間的扭曲,，從扭曲的虛影中走出了一個(gè)被黑色斗篷遮住所有樣貌的人，他的身影時(shí)隱時(shí)現(xiàn)仿佛下一秒就會(huì)消失一樣,。

　　“我回來(lái)了,。”從他口中說(shuō)出了這樣一句話(huà),，聲音清冽似乎不帶任何感情,。

　　在他轉(zhuǎn)身的一瞬間，可以看到從斗篷里露出的那一雙泛著冷光的暗金色的眼眸,。