1961年，人類探測到月球上有外星人的痕跡,，所以約翰·肯尼迪總統(tǒng)下令不惜一切代價趕在蘇聯(lián)人之前登陸月球,。1969年,，尼克松總統(tǒng)下令在阿波羅登陸月球時秘密注意外星人行蹤,，他們發(fā)現(xiàn)了博派在賽博坦星最后一戰(zhàn)時想脫離的汽車人飛船“方舟”以及巨大的機(jī)器人“御天敵”,。

　　山姆·維特維奇大學(xué)畢業(yè)后和新女友卡莉住在華盛頓,，他拯救過兩次世界,，所以有點適應(yīng)不了普通人的生活,，但他還是找了份工作,，試圖讓自己安定下來?？ɡ虿涣私馑_姆的苦悶,，她為一個藝術(shù)品和汽車收藏家迪蘭·古爾德工作。

　　根據(jù)蘇聯(lián)人的情報,，地球人在切爾諾貝利核電站的原址遭遇了狂派的“震蕩波”,。擎天柱擊退震蕩波，卻驚奇發(fā)現(xiàn)震蕩波留下的方舟核心引擎部分,。擎天柱對人類向他隱瞞實情很生氣,，原來多年前美國宇航員登陸月球就發(fā)現(xiàn)了墜毀的變形金剛博派“方舟”，但他們一直向世人和汽車人隱瞞,。

　　擎天柱要求去月球一趟,，在月球上,，擎天柱一行人發(fā)現(xiàn)了“御天敵”，他是博派的前任領(lǐng)袖,，也是擎天柱的導(dǎo)師,。汽車人把御天敵和他身邊的5個柱狀物帶回了地球。結(jié)果,，他們都中了圈套,。山姆被公司的人認(rèn)出是變形金剛的朋友，這個人試圖告訴他狂派的陰謀,，顯然他也被迫參與了那個計劃,，隨后激光鳥就殺掉了這個人。

　　把御天敵和五個柱狀物帶回地球后,，擎天柱用能源寶重啟了御天敵,，之后又放回自己體內(nèi)。謎底一點一點揭曉,，山姆立刻意識到狂派一直都知道“太空橋”的事,。果然御天敵叛變了，他殺死了鐵皮和雙胞胎機(jī)器人,。

　　看到曾經(jīng)身為博派的御天敵的背叛,，人類放棄了，把怨氣都撒到了博派頭上,。山姆去找了擎天柱和博派,，問他們有何打算，擎天柱說他們沒有打算,，只會默默離開,。他們就這么走了，飛船在半空中被紅蜘蛛打落,，博派似乎已經(jīng)全軍覆沒,。

　　山姆只好向轉(zhuǎn)行到基地工作的前軍官羅伯特·愛普斯求助，求他幫自己追蹤迪蘭,，救出被壞人抓住的卡莉,。經(jīng)過一番跟蹤，他們發(fā)現(xiàn)迪蘭在芝加哥,，于是薩姆還有愛普斯以及后者的軍中戰(zhàn)友一起去了芝加哥,。狂派和御天敵開始實施自己的計劃,，為了將芝加哥變成傳輸塞伯坦星球的基地,，狂派幾乎拆掉了半個芝加哥。正當(dāng)人類無助的時候，博派金剛們不出意外地回來了,。

　　擎天柱和御天敵開始了一場單挑,，不過擎天柱的左劍右斧無法破開御天敵的防御，并且被其打斷右臂,。危急時刻,，卡莉跑到渾身鐵銹的威震天的面前，離間威震天和御天敵,，導(dǎo)致它大怒不顧自己滿身鐵銹,，沖出去偷襲御天敵得手。并且得意洋洋地對擎天柱說,，如果沒有它在,，擎天柱也就沒有了存在價值,。擎天柱臉一沉,，“We'llsee”，單臂砍死了早就油盡燈枯的威震天,。

　　奄奄一息的御天敵說它只是為了故鄉(xiāng),，并且不想讓博派成為地球人的奴隸而戰(zhàn)，希望擎天柱能明白它是在追求自由,，請擎天柱原諒他的背叛,。擎天柱說道，你沒有背叛我,，你只是背叛了你自己,。兩槍，結(jié)束了御天敵的生命,。