案件上報大理寺,，大理寺將此案梳理一遍后判定阿云婚事無效,，不必問斬,，但其謀殺已傷,，按律當絞,。許遵不服,，上書表示抗議,。宋神宗對案件大致了解后決定支持大理寺的判決,，但本著皇帝寬厚的宗旨,，特下旨免其死罪,。

　　不料許遵仍繼續(xù)上書，表示抗議,，因為阿云免死不是因為他說的自首免罪,，而是來自于皇帝的寬容，這是對他多年審案能力的質疑,，他無法接受,。于是案件轉到刑部、審刑院進行商議,，刑部,、審刑院均支持大理寺的判決，認定阿云當處絞刑,。

　　就在案件爭論不休的時候,，許遵碰巧被任命到大理寺就職。此案還未最終宣判,，侍御史怕許遵來到大理寺對此案有所干擾,，于是上書要求暫停許遵大理寺之職的任命。

　　許遵針對刑部和審刑院的意見再度上書抗議,。宋神宗只得召集翰林院,、中書門下、樞密院共同商議此事,。宰相,、樞密使,，翰林學士、知制誥等大大小小的官員針對此事各抒己見,。至此,，大理寺、刑部,、審刑院,、翰林院、中書門下,、樞密院五個部門以及一些相關部門的所有官員全部參與到此案中來,，規(guī)模之大前所未有，一時間轟動朝野上下,。

　　文彥博,、呂公弼、司馬光,、唐介等人認為阿云被抓捕后才承認,，不能算自首，按律當絞,。王安石,、陳升之、韓絳等人認為阿云算自首,，應判流放,。到底應被判絞刑還是流放，一生一死千差萬別,，大家爭得面紅耳赤也沒爭出個結果,。于是，登州阿云案從案發(fā)的治平四年一直拖到熙寧元年七月,。

　　一天,，宋神宗傳召分別代表兩派不同意見的王安石、司馬光前來商議此案,，希望盡早將其平息,。

　　兩人行禮后，宋神宗開門見山地說道：“阿云案持續(xù)了一年,，懸而未決,，兩位卿覺得應當如何判決？”

　　司馬光回答道：“臣以為阿云謀殺已傷,，應判絞刑,。”

　　王安石看了眼司馬光,，“阿云按問即承,，應免所因之罪,，按傷害論，判流放,?！?p>　　司馬光當即駁斥道：“她已經被抓捕到衙門才坦白，豈能算自首,？”

　　王安石道：“還未升堂審案,，她便承認就是自首?！?p>　　司馬光冷笑一聲,，道：“縣尉先行盤問，與是否升堂審案有區(qū)別嗎,？她若真想自首,，早就自首了，何必非等到衙役將其抓捕才自首,，明明是她懼怕被用刑才不得已招供,，你這分明是混淆視聽！”

　　王安石生氣道：“我哪有混淆視聽,！”

　　兩人說著說著便吵了起來。宋神宗見狀急忙勸說道：“兩位卿說的都有道理,，朕以為……”剛說到此處,，司馬光、王安石不約而同地安靜下來,，望向宋神宗,。宋神宗停頓片刻，道,，“朕以為阿云也并非罪大惡極,，不如就免其一死，判流放算了,?！?p>　　司馬光當即反駁道：“官家不可！”

　　“為何不可,？”宋神宗問道,。

　　司馬光道：“如果阿云因為韋阿大有惡逆之罪而殺她，那還能容忍,，但如今她僅因為夫君相貌丑陋而欲謀殺之,，有悖于禮！官家若是寬容了她,，這不是助長不良風氣么,！”

　　王安石道：“君實此言過矣,，不過是一個小小的案子，何來風氣之說,？”（司馬光,，字君實）

　　司馬光直視王安石，反問道：“這是一個小小的案子嗎,？此案經過數月審議,，中書門下、樞密院,、翰林,、刑部、大理寺,、審刑院等大大小小的官員都牽扯其中,，人數之多前所未有。官家的判決早已不是簡簡單單的一個案件,，而是涉及我大宋律法,。之所以有死刑，就是為了讓那些十惡不赦之人有所忌憚,。一旦此案開了先例,，殺人不用償命，后人皆效仿之,，怎么辦,？”說著對宋神宗道，“官家寬厚,，對于犯婦難免心生惻隱,，若是登州剛將此案上報朝廷，并未驚動四方,，官家皇恩浩蕩,，赦免于她，臣無異議,，但此事牽扯甚廣,，必須秉公執(zhí)法，以正綱紀,，還望官家三思,！”

　　宋神宗思忖許久，難以決斷,。

　　王安石啟奏道：“臣以為既然此事牽扯甚廣,，官家更應該樹立仁君的形象。阿云自首得以免除死刑，不正是向天下之人推崇犯了事要勇于自首從而改過自新嗎,？”

　　司馬光怒目而視,，駁斥道：“她若犯案后直接去自首，那自當算其悔過?，F在是殺人未遂不得已招供,，你還算她自首，那豈不是告知天下人殺人不用償命,，只要殺了人隱瞞得好便可一世逍遙,，就算有一天東窗事發(fā)，大不了被抓后坦白全部,，然后說自己是自首就能免于一死,，豈不荒謬！”

　　王安石對一直在思考的宋神宗道：“到底該如何判決,，還望官家明示,！”

　　宋神宗思慮許久，道：“朕以為王卿所言極是,，就判流放吧,。”

　　司馬光愕然,，當即跪拜道：“還望官家收回成命,！”

　　宋神宗年輕氣盛，對于認定的事大多無轉圜余地,，看了眼匍匐于地的司馬光,，道：“司馬卿平身吧，這事就這么定了,，無須再議！你們跪安吧,?！闭f著轉身離開。

　　王安石跪拜后,，起身對仍做叩頭狀的司馬光道：“君實,，官家已經走了，起來吧,?！?p>　　司馬光抬頭見屋內已無宋神宗的身影，嘆了口氣,，站起身來,，對王安石呵斥道：“你這是助長不正之風！”

　　王安石聳聳肩,，淡然道：“我大宋如今延續(xù)百年,，各類政策法規(guī)早已出現問題,，我與官家意欲改變現狀，此次阿云案就當是其中的一個小小的環(huán)節(jié)吧,，君實切莫過于守舊,。”說完便離開了,，留下司馬光一人愣在原地,。

　　幾日后，宋神宗下詔：阿云謀殺已傷,，按問欲舉,，自首，從謀殺減二等論,。阿云被判流放,，此案似乎畫上了一個句號。然后,，詔書一出,，滿朝嘩然，眾多官員紛紛上書,，希望宋神宗收回成命,，改判絞刑。宋神宗隨即表示此事無須再議,，讓各位官員不必再就此事上書了,。

　　此時王安石的新法雖未正式開展，但也顯露出端倪,。朝中之人因為反對王安石推行新法而上書,，不少人造到貶謫。針對此案,，當初反對流放的官員們大多數選擇三緘其口,，反正事不關己，沒必要得罪宋神宗和王安石,。

　　然而也有特例,，參知政事唐介素來剛正不阿、敢于直諫,，連續(xù)上書對此案以及新法之事表示反對,，甚至多次與王安石爭論不休。一日,，唐介與王安石吵得不可開交,，忽感胸口疼痛，渾身不適，當晚回家便病倒了,。家人多方尋醫(yī),，怎奈唐介心中郁結難消，背部生瘡,，最終不治而亡,。