和薩摩藩的貿(mào)易完成后,，終究是要回歸目前島內(nèi)局勢，自中秋節(jié)后，勢力大增的穿越者再度派人南下或北上抗疫，并帶上了現(xiàn)代病毒培養(yǎng)相關(guān)的物資，這將大大加強牛痘疫苗的普及,，萬余人份額的牛痘疫苗（牛痘病毒），在現(xiàn)代物資的支持下，一個月內(nèi)足以完成大規(guī)模的分離培養(yǎng)制取,。
十月，天花大流行,，北方淡水城人口少,，少數(shù)感染天花的也是從新港城派過去的移民們,，穿越者們絲毫無損，因此北方只需要運過去少量疫苗便可以解決,，同時在元老院的決定下解除淡水城的封鎖,，開港通市。
而南方各縣天花泛濫,，牛痘疫苗只能優(yōu)先供給各港口以及最嚴(yán)重的村落聚居地,，但哪怕是有牛痘疫苗的情況下，死亡依舊不可避免,，初期穿越者對南部的組織能力不夠,，各縣實際情況未能完全掌握，等到一批又一批的痘師派出去后,，元老院才完全掌握了南部各縣移民們的真實情況,，觸目驚心。
已是收獲的季節(jié),，有些天花未曾波及的地方村落早已封鎖各村口,，按照元老院指示，嚴(yán)防死守陌生人進(jìn)入,，同時各村皆全力組織青壯收割,，而天花泛濫的村落，因元老院下令禁止人口流通,，病人都轉(zhuǎn)移至村落外建茅草屋將養(yǎng),，一時間稍微遏制些許，但終究損傷不少人力,。
之后元老院下令,，優(yōu)先給先前從各港口招募的民兵們接種疫苗，再由駐防當(dāng)?shù)氐拇┰秸郀I長帶領(lǐng)下進(jìn)入各村幫助收割,，同各村的村長好說歹說后才讓其明白這些人是來幫助搶收的,，不是趁火打劫之人，同時按照村子里的人頭數(shù)實發(fā)紙幣至個人,，想來只要疫情結(jié)束,，新港城的威望必然不像之前那樣只能影響各港口區(qū)域，將深入各縣遠(yuǎn)離海邊的村落,。
此時的云林縣北部彰化平原,，地處臺灣西海岸的中部，濁水溪以北,，大安溪以南,。東臨大肚山臺地與八卦山臺地，與臺南嘉東平原隔濁水溪相對,。地塊略呈三角形,。南北長約68公里,，北部寬約5公里，南部寬約34公里,，面積約900平方公里,。海拔不足100米。彰化平原的形狀,，近似一個等邊三角形,，平原坦蕩，土壤肥沃,，平原北部背靠地勢險要的八卦山,，面向沃野良田，把守著臺中盆地的出口,，成為南來北往的咽喉,，是由臺中盆地進(jìn)入彰化平原的首經(jīng)之地。
彰化平原北部靠海區(qū)域有一港口名為鹿港,，因中部地區(qū)昔日多鹿,，鹿港為鹿群經(jīng)常聚集之地，從荷蘭據(jù)臺至清初,，鹿群遍布,，鹿皮的買賣為全臺最盛之地，故當(dāng)?shù)貪h人也有稱此地為鹿仔港者,。
而荷蘭據(jù)臺時期,，荷蘭人的視線只有臺南的區(qū)域以及魍港等地，渾然不知鹿港的存在,，而穿越者們必然不會犯此錯誤,，自從南部各地設(shè)縣后，元老院雖然未在此地設(shè)縣,，但還是是由云林縣派人暫管,，自接管此地后，當(dāng)?shù)貪h人們倒是未有多少反抗情緒,，只要不涉及根本利益，還有一口飯吃,，底層人是不會想著反抗的,，可有些人自己大魚大肉卻巴不得底層這些拖后腿的窮人都消失了才好，卻不想想自己往上數(shù)幾代也是從下面爬上來的,，自己的吃喝也是靠下面的稅收供給的,。
鹿港一帶，原來是平埔族巴布薩族的聚落所在地,，平埔族的狩獵對象鹿和山豬為主,，捕鹿也是歲末時最重要的部落活動之一,。
鹿港的東南面，便是是一望無際的彰化平原,。此地引濁水溪的水灌溉的水稻,，其米煮飯又香又黏，后世是臺灣重要的水稻產(chǎn)區(qū),。水稻種植面積大約占耕地的50%-80％,，而雙季稻占水稻種植面積的80％一100％。后世的彰化縣地區(qū)年產(chǎn)稻米約40萬噸,，素有“臺灣米倉”之稱,。
此時的彰化之地，依舊是一幅原始面貌,，土著部落和移民村落星羅棋布于彰化平原之上,，瘧疾、各類熱帶病,、血吸蟲,、天花等疾病每年都會帶走不少人的性命，而當(dāng)?shù)氐耐林鴤兊氖杖胫饕闶强坎东C以及種植,，捕獵獲得的鹿皮常年有商人收購,，而種植方面也從移民們身上學(xué)到了不少耕種相關(guān)的知識，至少不再是像北部的土著那樣種子撒下去,，收成全靠天意,。
彰化平原地區(qū)的天花自鹿港逐漸向南北傳播，鹿港第一時間淪陷并被元老院封鎖,，準(zhǔn)進(jìn)不準(zhǔn)出,，因離海邊較近，且水系發(fā)達(dá),，倒是方便痘師們深入此地各移民村落接種疫苗,，而有些離鹿港不遠(yuǎn)的土著村落，例如離鹿港最近的馬芝遴社便深受其害,，更遠(yuǎn)的還有東螺社,、西螺社、二林社,、眉里社,、半線社、柴仔坑社,、阿束社,、貓霧捒社，也因交易鹿皮之故，或多或少的接觸過鹿港或是當(dāng)?shù)匾泼?，均有不同程度的感染,。（天花這東西的傳染性真的點滿了，感染病毒者的唾液中病毒含量是最高的,，是人類歷史上傳染性最強的疾病之一,，看看新冠的傳染速度就知道，二者傳染方式有不少類似的,，如飛沫傳染等）
后世各土著部落根據(jù)漢化程度被分為生番熟番,，但對此時的穿越者們而言，這土著們?nèi)际巧?，?xí)俗完全不同,，將來的同化過程必然艱難，而目前的疫苗必然優(yōu)先供給中原或是其余地區(qū)的移民,，之后才會考慮各地商人以及土著,，但土著們可不會坐著等死。
十月中旬,，第一批支援彰化的痘師在穿越者的領(lǐng)導(dǎo)下前往彰化,，以鹿港為彰化大本營，穿越者醫(yī)生和部分士兵坐鎮(zhèn)鹿港,，帶來的痘師們在剩余武裝部士兵和民兵的保護(hù)下前往各村落,，目標(biāo)直指此地民心，此事過后,，想來彰化也能開始設(shè)縣事宜,，并直接由新港城直轄。
等到十月末,，依靠新港強大的后勤保障,，最高70km/小時的水路運輸速度，全臺各地大型移民村聚落點都已完成接種事宜,，只剩下極少部分疫情未大規(guī)模爆發(fā),，未曾接種的偏遠(yuǎn)村落。最大程度保存民力,，同時元老院主導(dǎo)下,，接種疫苗時完成了第一次人口普查。
全臺除穿越者外移民人口共18661人,，北方淡水城221人,，新港城移民4533人，彰化移民2832人,，云林移民3227人，嘉義縣2588人，安平城3471人,，鳳山縣為新設(shè),，當(dāng)?shù)貕ㄖ郴A(chǔ)不足，人數(shù)最少,，共1789人,。
人口正普查完成時，一同呈上元老院商議的還有鹿港附近發(fā)生的大事,，新港附近村落接種不久后的村民,，被馬芝遴社之人強擄去，同時有兩名痘師被抓去,。
穿越者醫(yī)生和痘師們在南部各地威望日隆,，一呼百應(yīng)之下，召集了不少人前去討要村民與痘師,，最終馬芝遴社歸還人員,，村民倒是無事，但一名痘師已重傷不治,，縱使用上現(xiàn)代醫(yī)藥也是無力回天,，另一名痘師在被嚴(yán)刑逼迫之下不得不違背元老院禁令采集被擄村民手臂上的牛痘濃漿接種至土著身上，從此接種之法流傳出去,，此后彰化之地,，時有村落遭受土著進(jìn)犯，主要是一些沒有痘種的土著們?yōu)榱藫寠Z已種好痘的村民,，目標(biāo)便是村民們手臂上的痘種,，同時順勢搶奪糧食耕牛，燒殺擄掠的也有不少,。