在第三次忍界大戰(zhàn)徹底爆發(fā)后，長(zhǎng)期活躍在戰(zhàn)爭(zhēng)前線的神原真司，修煉時(shí)間大幅減少,。

　　導(dǎo)致沸遁的開(kāi)發(fā)也用了一年半的時(shí)間才完成,，塵遁的開(kāi)發(fā)更是遙遙無(wú)期,，沒(méi)有絲毫進(jìn)展,，被他無(wú)限期擱置了,。

　　不過(guò)相對(duì)應(yīng)的是,，神原真司因?yàn)閼?zhàn)功而早卡卡西一年被村子破格提拔成為了上忍,，一個(gè)僅十歲就名噪一時(shí)的天才上忍,。

　　這幾年里，在砂隱戰(zhàn)場(chǎng)上,，神原真司直面了同為灼遁血繼忍者的葉倉(cāng),，第一次在人前使出了他所擁有的第二種血繼限界，炎遁,。

　　與葉倉(cāng)平分秋色的一戰(zhàn),，加深了神原真司對(duì)灼遁的領(lǐng)悟，讓他的實(shí)力更進(jìn)一步,，更讓他有了炎灼使的名號(hào),。

　　在云隱戰(zhàn)場(chǎng)上，神原真司旁觀了金色閃光對(duì)戰(zhàn)云隱AB組合之戰(zhàn),，第一次近距離目睹了忍界巔峰忍者之間的戰(zhàn)斗,，讓他對(duì)于飛雷神之術(shù)這個(gè)時(shí)空間忍術(shù)更加渴望了。

　　除此以外,，為報(bào)卯月真咲手臂被廢之仇,，神原真司還主動(dòng)挑上了云隱磁遁忍者特洛伊，在戰(zhàn)場(chǎng)上將其一舉擊殺,。

　　將碰觸到的東西磁化,，再通過(guò)磁化物品的接觸將磁性轉(zhuǎn)移到敵人身上,，讓敵人身體磁化,，再借由磁性攻擊敵人，使敵人無(wú)法躲避的磁遁·磁化之術(shù),，根本奈何不了神原真司,。

　　必中的方片手里劍也就只能對(duì)付一下普通忍者了，對(duì)已經(jīng)開(kāi)發(fā)出磁遁的神原真司來(lái)說(shuō),，特洛伊使用的所有攻擊都是徒勞的,。

　　特洛伊運(yùn)用磁遁的方式太過(guò)拉胯，無(wú)論是砂鐵,，砂金,，還是砂子，都遠(yuǎn)勝他所謂的磁化手里劍,。

　　四大自然力之一的磁力的真正威力可不止這一點(diǎn),，只可惜神原真司自身文化程度和知識(shí)儲(chǔ)備不夠，無(wú)法深入運(yùn)用磁力,。

　　不過(guò)即便如此,，只要神原真司肯花費(fèi)一定的時(shí)間去開(kāi)發(fā)自身的磁遁,，未來(lái)就可以在磁遁上輕松強(qiáng)過(guò)忍界其他磁遁忍者。

　　單身出陣的神原真司,，炎遁與灼遁并用,，輕松的完成了一場(chǎng)碾壓式的戰(zhàn)斗，特洛伊四人小隊(duì)更是被他全數(shù)擊殺,，這一戰(zhàn)后,，他便被村子破格提拔為了上忍。

　　隨即而來(lái)的是神原真司在黑市懸賞金的提高,，一個(gè)還沒(méi)完全成長(zhǎng)起來(lái)的少年天才,，在黑市的懸賞是高過(guò)他本身的身價(jià)的。

　　之后神原真司更是與波風(fēng)水門(mén),、秋道丁座,，以及原小隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)油女志微一起，頻繁的執(zhí)行A級(jí)和S級(jí)的任務(wù),。

　　期間神原真司參與了封印了樓蘭古國(guó)的龍脈封印,，但過(guò)程中卻沒(méi)有遇到時(shí)空來(lái)客，水門(mén)父子也沒(méi)有相遇,，這一點(diǎn)他能確認(rèn),，因?yàn)樗潞蟛榭催^(guò)記憶沒(méi)有被封印的情況。

　　在草之國(guó)的對(duì)巖隱戰(zhàn)場(chǎng)上,，與波風(fēng)水門(mén)一起前去支援木葉前線防御部隊(duì)的神原真司,，第二次遇到了爆遁狩。

　　今非昔比的神原真司輕易結(jié)果了曾經(jīng)叫囂要結(jié)果他,，卻被他廢了左臂的爆遁狩,，還消滅掉了爆遁狩率領(lǐng)的一整支巖隱爆破小隊(duì)，及時(shí)為僅剩四人的木葉前線防御部隊(duì)解了圍,。

　　神無(wú)毗橋之戰(zhàn)后,，接到野原琳求援的神原真司，還從巖隱精銳部隊(duì)的包圍中,，救下了留下斷后,，拖延時(shí)間的卡卡西和邁特凱兩人。

　　也就是在這一戰(zhàn)中,，卡卡西以千鳥(niǎo)切斷了巖隱忍者發(fā)動(dòng)的大范圍攻擊術(shù)式所制造出來(lái)的雷電,，讓千鳥(niǎo)有了雷切之名，在這之后沒(méi)多久,，木葉與巖隱的戰(zhàn)爭(zhēng)便徹底結(jié)束了,。

　　木葉歷四十六年，由于金色閃光波風(fēng)水門(mén)在前線的突出表現(xiàn)，以大野木為首的巖隱高層抽調(diào)千名忍者,，穿過(guò)草忍者村對(duì)木葉進(jìn)行突襲計(jì)劃遭到遏制,。

　　在神無(wú)毗橋一戰(zhàn)失利，補(bǔ)給線被以金色閃光波風(fēng)水門(mén)為首的小隊(duì)切斷后,，面對(duì)砂隱介入的巖隱,，只好選擇了和木葉和平談判，結(jié)束戰(zhàn)爭(zhēng),。

　　當(dāng)然這里面也有猿飛日斬認(rèn)下了承認(rèn)巖隱活動(dòng),，放棄戰(zhàn)后索賠權(quán)力的合約的原因。

　　也正因?yàn)榇?，為了?duì)在戰(zhàn)爭(zhēng)中犧牲的木葉忍者負(fù)責(zé),，同時(shí)迫于木葉高層志村團(tuán)藏的壓力，全面承擔(dān)責(zé)任的猿飛日斬才主動(dòng)退位,，辭去了三代目火影的職位,。

　　不肯輕易放手大權(quán)的猿飛日斬，在與大名的會(huì)議上,，直言自己的得意弟子大蛇丸眼中藏有惡意和野心,，拒絕了讓大蛇丸擔(dān)任火影，隨后提名徒孫波風(fēng)水門(mén)接任他的位置,，提名也順利的通過(guò)了,。

　　得知消息的大蛇丸，與志村團(tuán)藏一致認(rèn)為猿飛日斬此舉是把波風(fēng)水門(mén)當(dāng)做傀儡,，師徒一同掌控木葉,。

　　從結(jié)果上來(lái)看，猿飛日斬在退位后依舊把持著極大的權(quán)力,，暗部沒(méi)有移交給波風(fēng)水門(mén),，而是讓水門(mén)自行組建直屬暗部。

　　政務(wù)方面就更不用說(shuō)了,，以波風(fēng)水門(mén)經(jīng)驗(yàn)不足需要指導(dǎo)為由,，從卸任到九尾之亂,，猿飛日斬一直都沒(méi)有放手政務(wù),。

　　當(dāng)然這些政治上的事情和神原真司沒(méi)什么關(guān)系，戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束給他也帶來(lái)了不少的好處,，除了修行時(shí)間的變多之外,，也方便了他學(xué)習(xí)村子所擁有的高級(jí)忍術(shù)，乃至部分禁術(shù),。

　　在木葉,，完成高級(jí)別的任務(wù)是可以申請(qǐng)學(xué)習(xí)新的忍術(shù)的，去執(zhí)行有些特別危險(xiǎn)的任務(wù)時(shí),，村子還會(huì)提前將忍術(shù)預(yù)支,。

　　猿飛日斬在位時(shí),，神原真司很少用功績(jī)來(lái)?yè)Q取新的忍術(shù)，只換了幾種B級(jí)的五遁術(shù),，大部分功績(jī)都積攢了下來(lái),。

　　一來(lái)他是為了積攢更多功績(jī)換取更高級(jí)的忍術(shù)，二來(lái)是他認(rèn)為不是提出學(xué)習(xí)如飛雷神這種禁術(shù)的時(shí)候,，因?yàn)樵筹w日斬不一定會(huì)同意,，而且如果因此暴露了野心就不值當(dāng)了。

　　四代目波風(fēng)水門(mén)剛繼任沒(méi)幾天,，神原真司便前往火影辦公室,，提出了將自己積累的戰(zhàn)功和以前沒(méi)有兌換的任務(wù)獎(jiǎng)勵(lì)全部?jī)稉Q掉的請(qǐng)求，并指明了想要學(xué)習(xí)的忍術(shù),。

　　剛繼任沒(méi)幾天的波風(fēng)水門(mén),，很爽快的答應(yīng)了神原真司的請(qǐng)求，同意讓他閱覽所提出想要學(xué)習(xí)的所有忍術(shù),，并且還答應(yīng)了可以指導(dǎo)他學(xué)習(xí)飛雷神之術(shù),。

　　不過(guò)波風(fēng)水門(mén)也對(duì)他提出了一個(gè)要求，即希望神原真司能加入他所新組建的直屬于他的暗部當(dāng)中,，擔(dān)任隊(duì)長(zhǎng)之職,，管理他所組建的幾支暗部小分隊(duì)，當(dāng)然這其中不包括負(fù)責(zé)護(hù)衛(wèi)火影的影衛(wèi)隊(duì),。