小智一行人繼續(xù)旅行著,，途經(jīng)了小次郎的家，見證了小次郎和他的未婚妻魯美嘉之間的恩怨情仇,。

　　這天,，小智收到了大木博士的電文，給大木博士打了個電話,，電話里,，大木博士因小智收服了化石寶可夢對小智說了一堆廢話，并且告訴小智,，大傻谷已經(jīng)由于化石寶可夢的出現(xiàn),，被聯(lián)盟重視起來了，未經(jīng)允許不能通行,。而后又和喵喵聊了一會兒,，據(jù)喵喵報告，小智收服的那些化石寶可夢們把大木博士嚇了一跳,，最后還是喵喵制作了一個機器人,，這才制服了化石寶可夢們,。

　　幾天后的路上,，波克比也在小霞的期待中誕生了，小霞開心地抱著波克比說道：“好可愛??！波克比，你好啊,！”波克比高興地叫著“jiaoduigvli,！”小霞也收服了波克比，將寶石海星傳送到華藍道館去了,。波克比出生后,，皮卡丘就化身為了保姆皮，基本上為波克比操碎了心,。

　　這天,，小智一行人碰到了一個背著登山包的大叔，要求進行一場寶可夢對決,，小智自然是來著不拒當場派出妙蛙種子,，大叔的寶可夢是一只獨角犀牛，經(jīng)過一場戰(zhàn)斗后,，小智的妙蛙種子快要進化了,，痛苦地呻吟著，小智見狀,，二話不說,，抱起妙蛙種子就朝寶可夢中心跑去，小霞和小剛也立刻追上去,。

　　到達寶可夢中心后,，時間已是傍晚。喬伊小姐經(jīng)過一番檢查后對小智說：“你的妙蛙種子沒事,，只是開始出現(xiàn)進化的征兆罷了,。”

　　小智聽完,，說道：“它沒事就好,。”小智其實害怕自己的妙蛙種子不想進化,，并沒有很興奮,，小智很顧及自己的寶可夢們的想法，它們是自己的伙伴,，小智尊重它們的決定,，雖然小智有時候會給寶可夢們提些建議，如果寶可夢們不樂意,，小智是不會去強求的,。

　　然后喬伊小姐就和小智一行人聊起了天。介紹了有關妙蛙種子進化的傳說：原來到了某個時期,，妙蛙種子們就會從各處涌來,，聚集在一塊,，舉辦進化的慶典。

　　小剛聽到后感慨地說道：“看來我們即將迎接重要的時刻呢,?！毙∠歼@時突然問道：“進化是在哪里發(fā)生的？”看來很想知道進化的場地,，畢竟這是一大奇跡啊,。喬伊小姐笑著解釋道：“在被稱為不思議花園的地方哦?！毙倢@個地方感興趣,。喬伊小姐繼續(xù)說：“可到現(xiàn)在為止還沒有人見過那個地方，所以被人們認為是幻影呢,?！毙≈莿t非常肯定地說道：“我相信不思議花園一定在某個地方,?！?p>　　夜晚，小智一行人吃過晚飯,，小霞和小剛開始休息,，小智擔心妙蛙種子可能要去不思議花園，所以沒睡,，一直看著外面,。就在這時，小智看到妙蛙種子朝著花粉流動的方向走去,。小智將小霞和小剛喚醒,，抱起皮卡丘跟上妙蛙種子。

　　小智一行人跟著妙蛙種子跑了一段時間,，四周突然長出許多藤蔓,，把小剛嚇了一跳：“這是什么？”小霞看著前方立刻說道：“你們看,，這些藤蔓要把前面的路堵塞起來了,。”小智知道這里就是不思議花園了,，率先跳了過去,。小霞和小剛也跟著跳過去。

　　小智一行人跳過藤蔓后,，皮卡丘指著一個方向叫起來：“pika,！”小智問道：“皮卡丘，怎么了,？”不過小智一行人跑過去就看到下面平坦的草地上有很多的妙蛙種子,，然后這些妙蛙種子就開始唱歌。就在小智一行人吃驚的目光下,，正中央那棵巨大干枯的樹開始成長,，并且開出了大片的紅花，就連地上也開出了許多小紅花,?？吹竭@樣的美景，小霞陶醉地說道：“真漂亮??！”

　　不過，就在這時,，地面突然開始震動起來,。不一會兒，從樹洞里走出一只妙蛙花,。小智見到這只妙蛙花后,，猜測它的實力已經(jīng)距離神獸只有一線之隔。

　　然后慶典開始了,，在妙蛙花的叫喊和妙蛙種子的回應下,，妙蛙種子們開始吸收飄著的花粉，都進化成了妙蛙草,。

　　小智知道自己的妙蛙種子是不愿意進化的,，可是這里都是妙蛙草，小智猜測著：難道妙蛙種子并沒有來這里,？那它去哪里了,？小智現(xiàn)在非常納悶。

　　就在這時,，天空傳來火箭隊的聲音：“……（火箭隊經(jīng)典登場臺詞）”武藏一邊說一邊從熱氣球下伸出一根大管子,，笑道：“哈哈哈，妙蛙草和妙蛙花我們火箭隊就接收了,?！毙〈卫呻S后按下一個按鈕，管子就開始吸氣,，好多妙蛙草都被吸起來了,。小智看到這一幕，擔心地喊道：“妙蛙草,！”就在這時,，一只妙蛙草對小智開心地叫了一聲“dana！”并且飛快地沖過來,。

　　小智看到后,，開心地問道：“你進化成妙蛙草了,？”小霞和小剛也走過來恭喜小智。皮卡丘也和妙蛙草說著恭喜的話,。

　　看到妙蛙花拖住了火箭隊,，小智對自己的妙蛙草說道：“好，妙蛙草,，我們?nèi)兔钔芑?，使出日光束！”在太陽升起的時候,，妙蛙草開始吸收陽光能量,，向火箭隊的氣球發(fā)射出去，打破了裝著妙蛙草們的罩子,，并且引爆了氣球,，妙蛙草們也都出來了，隨后,，妙蛙草們和妙蛙花使出了藤鞭,，把火箭隊打飛了：“好討厭的感覺啊,！”

　　事后,，小智一行人也回到寶可夢中心，在和喵喵聯(lián)系交換了寶可夢之后,，又繼續(xù)踏上了旅途,。