小智在獲得橘子聯(lián)盟的勝利者杯后，決定在柑橘島上再休息一晚,，明天一早就回真新鎮(zhèn),。于是，小智就帶著小霞去逛去玩了,，小建則留在寶可夢(mèng)中心整理他的觀察資料,。

　　時(shí)間來(lái)到第二天早上，小智一行人乘著拉普拉斯踏上了歸家的旅途,。

　　值得一提的是：小智一行人來(lái)到凸橙島后,，發(fā)現(xiàn)島上已經(jīng)到處都是頑皮雷彈了，小智和小建也都一人收服了一只,。小霞沒有收服,，因?yàn)轭B皮雷彈不是水系的寶可夢(mèng)嘛！小智一行人也結(jié)識(shí)了強(qiáng)哥,，于是,，在強(qiáng)哥的口中得知開往真新鎮(zhèn)的聯(lián)絡(luò)船要解決這些頑皮雷彈之后才能出發(fā)。于是,，小智一行人就幫忙解決這次頑皮雷彈事件,。小智一行人也辭別強(qiáng)哥,，搭上了去真新鎮(zhèn)的聯(lián)絡(luò)船。

　　第二天,，小智一行人下了聯(lián)絡(luò)船的小智一行人,，終于走到了真新鎮(zhèn)，小智激動(dòng)地大聲呼喊：“真新鎮(zhèn),！我小智回來(lái)了,！”皮卡丘和波克基古也開心地叫起來(lái)。小霞走到波克基古的旁邊,，說(shuō)道：“波克基古,，你看，是不是很懷念??？”

　　小智走到家門口，推開自己家的門：“我回來(lái)了,！”喵喵和耿鬼,，還有魔墻人偶出來(lái)對(duì)小智打招呼：“歡迎回來(lái)，桀,！喵,！”

　　小智也和他們打招呼：“喵喵，耿鬼,，你們還好嗎,？”小建看到小智的喵喵和耿鬼都會(huì)說(shuō)話，瞬間產(chǎn)生了很大的興趣,，連忙拉著兩只寶可夢(mèng)去做記錄了,。

　　這時(shí)，一個(gè)情理之中,，意料之外的人出現(xiàn)了,；他就是——小剛！小剛也跟小智和小霞打起了招呼：“小智,，小霞,，歡迎回來(lái)！”

　　一見小剛,，小霞就問(wèn)道：“小剛,，你怎么會(huì)在這里啊,？還有,，內(nèi)木博士怎么樣了？”小霞終于問(wèn)到小剛的痛處了,，然后就看到小剛毫無(wú)元?dú)獾靥稍诘厣向榭s著,，嘴里不停地說(shuō)著：“拜托你不要再提了……不要了……已經(jīng)沒有了啊……要被榨干了啊……”后面的兩句只有小智聽到了。小智憋著笑意,，心想：難怪會(huì)這樣,，原來(lái)真相是這樣啊。

　　這時(shí),，花子也回來(lái)了,，見到小智一行人在家里，說(shuō)道：“你們回來(lái)了??！歡迎回來(lái)！”皮卡丘和波克基古立刻就跑到花子的懷抱中,，花子也逗著皮卡丘和波克基古玩,，小智也迎上去：“我回來(lái)了！”花子對(duì)小智點(diǎn)了點(diǎn)頭,，又看向小霞,，對(duì)于小霞作為自己的兒媳婦，花子是極其滿意的,。

　　小智將自己的橘子聯(lián)盟徽章和勝利者杯拿出來(lái)遞給花子：“媽,，這是我在橘子聯(lián)盟的獎(jiǎng)杯和徽章?！被ㄗ咏舆^(guò)獎(jiǎng)杯和徽章,，對(duì)小智說(shuō)道：“好！好,！我會(huì)放到你的房間里的,。”

　　這時(shí),，小建已經(jīng)迫不及待地要去大木博士研究所了,，于是小智，小霞,，小剛,，小建一行四人跟花子打了聲招呼，就向大木博士研究所的方向出發(fā)了,。

　　進(jìn)入大木博士研究所后,，小智喊道：“博士，在嗎,？”大木博士在屋里出來(lái)后,，看到是小智來(lái)了，打了個(gè)招呼：“是小智來(lái)了呀,！”然后就看到了波克基古,，問(wèn)道：“咦,？這只是？”小霞解釋道：“這是波克基古啊,，是波克比的進(jìn)化型,。”

　　大木博士一副感興趣的樣子：“原來(lái)進(jìn)化后就會(huì)飛了??！你好啊,！波克基古,！”小建則是非常激動(dòng)：“大木博士，很高興能見到你,?！贝竽静┦恳埠托〗ù蛄藗€(gè)招呼：“哦！是小建??！見到你我也很高興?！敝?，小建看到旁邊架子上滿滿當(dāng)當(dāng)?shù)木`球說(shuō)道：“大木博士收藏的精靈球好多啊,！”大木博士說(shuō)道：“哦,？你說(shuō)這些啊,？這些不是我的,，是從真新鎮(zhèn)出發(fā)的訓(xùn)練家們寄放在這里的?！毙≈强粗@些精靈球,，發(fā)現(xiàn)有赤虹，大木青綠,，碧藍(lán),，小黃，花子等人的精靈球,。有些疑惑：原劇情中應(yīng)該沒有這些精靈球吧,？還有媽媽花子竟然也是一位訓(xùn)練家？

　　然后,，大木博士對(duì)小智一行人說(shuō)道：“好了,，我?guī)銈儏⒂^后院吧。”說(shuō)完,，就帶領(lǐng)小智一行人到后院里,，到了后院不久，地面突然震動(dòng)了起來(lái),，小霞立刻問(wèn)道：“?。吭趺戳?？地震了嗎？”

　　小建看向遠(yuǎn)方朝這邊飛奔過(guò)來(lái)的寶可夢(mèng)們,，說(shuō)道：“是寶可夢(mèng),！它們正在向這邊過(guò)來(lái)了！”小剛也看向那邊,，說(shuō)道：“是小智的寶可夢(mèng)們?。　毙≈且彩指吲d,，把帶在身上的寶可夢(mèng)放出來(lái)了：“大家都出來(lái)吧,！”隨后，就和寶可夢(mèng)們打招呼：“大家都過(guò)得還好嗎,？”

　　小建看著小智的這些寶可夢(mèng)們,，說(shuō)道：“小智的寶可夢(mèng)好多啊,！”隨后看向和巨大大比鳥以及巨大鉆角犀獸并肩的巨大大巖蛇,，說(shuō)道：“原來(lái)小智還有一條這么大的大巖蛇啊,！”隨后看向小智的化石盔,，鐮刀盔，菊石獸,，多刺菊石獸,，化石翼龍，小建直接驚呆了：“那些化石寶可夢(mèng)都是小智的,？”小剛點(diǎn)了點(diǎn)頭：“是的,！”

　　隨后，小建就拿出筆和畫板：“這是寶可夢(mèng)和訓(xùn)練家之間的友好相處啊,，我一定要畫下來(lái),！”然后就開始畫起小智和他的寶可夢(mèng)們。

　　大木博士在旁邊看著,，對(duì)小建說(shuō)道：“你畫得相當(dāng)不錯(cuò)呢,！”這時(shí)，小建也向大木博士說(shuō)出自己的請(qǐng)求：“我有些報(bào)告,，希望博士能看一下,，可以嗎,？”大木博士回復(fù)道：“看下你的報(bào)告啊,？沒問(wèn)題,。當(dāng)然了，你以后可以住在這里哦,！”小建一聽,，激動(dòng)地問(wèn)道：“真的嗎？大木博士,，多謝,！”

　　這時(shí)，小霞對(duì)小智說(shuō)道：“對(duì)了,！小智,，我想讓我的海刺龍進(jìn)化成刺龍王，看著你的刺龍王,，我覺得好酷?。　毙≈且矊?duì)小霞說(shuō)道：“那正好,，我的鉆角犀獸也需要進(jìn)化,。我們?nèi)ミB接交換機(jī)那邊吧！”說(shuō)完,，就和小霞一起去機(jī)器所在的地方,。

　　隨后，小智把鉆角犀獸叫過(guò)來(lái),，小霞也將海刺龍從精靈球里放出來(lái),。之后，小智給鉆角犀獸戴上護(hù)具,，又給海刺龍戴上龍之鱗片,，將兩只寶可夢(mèng)收回精靈球，然后把精靈球放到機(jī)器上,，連接交換完成,，小智和小霞拿著精靈球?qū)毧蓧?mèng)放出來(lái)：“出來(lái)吧！”兩只寶可夢(mèng)出來(lái)后,，就發(fā)出進(jìn)化之光,，分別進(jìn)化成了刺龍王和超甲狂犀。

　　就在這時(shí),，地面突然又開始震動(dòng)起來(lái),，小建不解地問(wèn)道：“這又是怎么回事？”小剛左手指著窗戶說(shuō)道：“你們快看外面?！比缓蟠蠹揖涂吹窖芯克粠づ癜鼑饋?lái),。

　　“……（火箭隊(duì)經(jīng)典登場(chǎng)臺(tái)詞）”又是火箭隊(duì)三人組登場(chǎng)了。

　　小智友好地打了個(gè)招呼：“火箭隊(duì),，你們好?。　毙偢锌亓飨铝藴I水：“哇,！太懷念他們的登場(chǎng)臺(tái)詞了,！”小次郎和武藏同時(shí)說(shuō)道：“研究所的寶可夢(mèng)們我們都要帶走了?！?p>　　“你們想得美,！正好，我的寶可夢(mèng)剛進(jìn)化,，你們和它打一場(chǎng)吧，超甲狂犀,，就決定是你了,！”小智派出了剛進(jìn)化的巨大超甲狂犀。

　　“好,，我也參戰(zhàn),！蚊香君，可達(dá)鴨,，我沒叫你?。∧悄憔腿グ?！”小霞本來(lái)想派蚊香君的,，可是可達(dá)鴨又自己從精靈球中出來(lái)了。

　　“大舌頭,，你上吧,！”武藏派出大舌頭。

　　“大食花……都說(shuō)了多少次了,？不是我?。∧愕膶?duì)手在那邊,！”小次郎派出大食花,，不出意外又被吞了。

　　“大舌頭,，使用舌舔,。”武藏指著超甲狂犀對(duì)大舌頭下達(dá)命令。

　　“超甲狂犀,，巖石封鎖,。”小智讓超甲狂犀用出巖石封鎖,，大量的巖石塊向大舌頭砸過(guò)去,，把大舌頭的舌頭擋下來(lái)了。

　　“大食花,，給我上,！”小次郎這邊擺脫了大食花后，立刻就對(duì)大食花下令,。

　　“快出來(lái)了,！快出來(lái)了！好,！可達(dá)鴨,，使用念力?！毙∠技?dòng)地看著可達(dá)鴨被咬住腦袋,，可達(dá)鴨出現(xiàn)了頭痛欲裂的表情，而后,，可達(dá)鴨閉上眼睛后突然睜開,，并且發(fā)出藍(lán)色的光芒，大食花不能動(dòng)了,。

　　“可達(dá)鴨,，就是這樣，扔飛它,！”小霞對(duì)可達(dá)鴨說(shuō)完,，可達(dá)鴨就把大食花扔飛出去。小霞見可達(dá)鴨恢復(fù)正常,，立馬就跑過(guò)去,，抱著可達(dá)鴨，說(shuō)道：“可達(dá)鴨,，你還是挺厲害的嘛,！”可達(dá)鴨不明所以地歪著頭。

　　“超甲狂犀,，使用尖石攻擊,。”小智也讓超甲狂犀進(jìn)攻,，被控制住的大舌頭就這樣被尖石擊飛了,。

　　這時(shí),，火箭隊(duì)的喵喵說(shuō)道：“今天的戰(zhàn)斗不止有寶可夢(mèng)，還有秘密武器啊喵……”突然,，小智的喵喵和耿鬼出現(xiàn)了：“吃我一記亂抓,！”火箭隊(duì)的喵喵叫了一聲：“啊,！好痛啊喵,！你們干什么啊喵？”小智的喵喵哈哈大笑道：“哈哈,！你們是不是忘了還有我們倆?。坷项B童,，上,！使用暗影球！”耿鬼桀桀一笑：“桀桀,！小喵咪,，不和他們多玩會(huì)嗎？”喵喵道：“快點(diǎn)打完,，快點(diǎn)收工,！”于是，耿鬼使出暗影球砸向火箭隊(duì)三人組,，在一聲“好討厭的感覺啊,！”中開始了飛天之旅,。

　　火箭隊(duì)三人組飛走后，小智問(wèn)道：“大家都沒事吧,？”耿鬼和喵喵回答道：“沒事,。”

　　就在這時(shí),，小茂出現(xiàn)了：“你還是這么厲害啊,，小智！”身后還跟著一只超甲狂犀,，但是,，體型就比小智的超甲狂犀要小太多了。

　　小建走向前去觀察小茂的超甲狂犀了：“這只超甲狂犀發(fā)育得相當(dāng)好??！”大木博士解釋說(shuō)：“那是因?yàn)樾∶@半年一直都在和青綠一起做特訓(xùn)呢！”

　　小茂突然向小智發(fā)出挑戰(zhàn)：“小智,，自從石英大會(huì)結(jié)束后,，我就一直以趕超你為目標(biāo)而努力訓(xùn)練著,，現(xiàn)在我要向你挑戰(zhàn)！”

　　對(duì)于挑戰(zhàn),，小智是不會(huì)拒絕的：“小茂,，我接受你的挑戰(zhàn)?！?p>　　“去吧,！大比鳥，就決定是你了,！”小智派出了巨大大比鳥,。

　　“是巨大大比鳥啊,！去吧,，伊布?！毙∶沙龅氖且敛?。

　　“大比鳥，使用羽毛舞,?！?p>　　“伊布，用反射壁,?！?p>　　小智見小茂讓伊布用反射壁就知道小茂以為羽毛舞是攻擊技能，但是小茂一看無(wú)事發(fā)生,，驚訝道：“什么,？”小智只好解釋：“羽毛舞不是攻擊技能哦！小茂,，接下來(lái)到我了,，大比鳥，使用飛沙腳,?！?p>　　“伊布，使用影子分身,?！毙∶姆磻?yīng)還是很快的，伊布立刻制造了好幾個(gè)分身,，飛沙腳只打中了其中的四個(gè),，而且還沒有命中本體。

　　“大比鳥,，使出龍卷風(fēng),?！毙≈侵肋@個(gè)時(shí)候要使用大范圍攻擊技能才行，巨大的龍卷風(fēng)把伊布和影子分身都卷了進(jìn)去,，影子分身都消失不見,，本體也被卷出去。

　　“伊布,，加油?。∈褂妹妥?！”

　　“大比鳥,，高速移動(dòng)避開?！?p>　　看著沖向大比鳥的伊布,，大比鳥沒有選擇正面對(duì)碰，而是暫避鋒芒,，用高速移動(dòng)避開了攻擊,。

　　“大比鳥，再來(lái)一次龍卷風(fēng),?！毙≈亲尨蟊萨B繼續(xù)用龍卷風(fēng)來(lái)攻擊，伊布根本來(lái)不及避開,，又被擊中了,。

　　“伊布，別這樣就輸了,，使出火箭頭錘,！”看樣子小茂打算一招定勝負(fù)了，不過(guò),，也可以看出這只伊布剛出生不久，技能都很普通,。

　　“大比鳥,，龍卷風(fēng)再用一次?！毙≈且琅f讓大比鳥使用龍卷風(fēng),，伊布這次撞到了龍卷風(fēng)里面，被卷暈了過(guò)去,。

　　大木博士來(lái)宣布比賽結(jié)果：“伊布失去戰(zhàn)斗能力,，大比鳥勝利！所以,，這次比賽結(jié)果是小智勝,！”

　　小茂收回了伊布,，對(duì)小智說(shuō)道：“伊布，回來(lái)吧,！沒想到我跟著爸爸修行了這么久,，還是沒法打敗你，不過(guò),，我是不會(huì)放棄的,，小智，你等著,，我會(huì)繼續(xù)努力,，直到超過(guò)你為止?！闭f(shuō)完,，獨(dú)自一人離開了。小智目送小茂離開,，心中默默地說(shuō)道：我等著你,，小茂。

　　之后,，小智將科拿送的寶可夢(mèng)蛋交給大木博士,，拜托大木博士將它孵化，小建就留在大木博士研究所,，小智,，小霞，小剛?cè)嘶氐搅诵≈堑募抑小?p>　　接下來(lái),，小智就在家中陪著媽媽花子和女朋友小霞,，一家人其樂融融地度過(guò)了幾天平常的日子。值得一提的是：科拿送小智的寶可夢(mèng)蛋也在這幾天成功孵化了,，是一只小海獅,，小智也用精靈球?qū)⑿『＊{收服了。