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四進制造物主

四進制造物主

非奇異矩陣 著

  • 科幻

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  • 2022-10-26上架
  • 457178

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不做人的小剪刀(相關技術背景科普,,大白話版)

四進制造物主 非奇異矩陣 2750 2022-12-12 16:58:47

  眾所周知,DNA是一種遺傳物質,。它由四種較為簡單的脫氧核糖核苷酸分子組成,,每個分子上都攜帶著名為堿基的標簽,所以我們就干脆用這四種標簽來指代這四種分子,,分別為腺嘌呤A,、鳥嘌呤G、胞嘧啶C,、胸腺嘧啶T,。

  這四種核苷酸分子首尾相連形成了超長鏈條,就像一個個金屬圈嵌套形成的長鐵鏈,,使得DNA分子呈現(xiàn)出細長的纖維形態(tài),。

  DNA根據堿基互補原則,由兩條單鏈螺旋纏繞組成,。由于堿基之間的氫鍵具有固定的數目和DNA兩條鏈之間的距離保持不變,,使得堿基配對必須遵循一定的規(guī)律:A一定與T配對,G一定與C配對,。這就是堿基互補原則,。

  這些緊密排列的堿基,用極其晦澀難懂的語言記錄著生命的藍圖,。在每一次生命的繁衍過程中,,兩條DNA長鏈都會解離螺旋構型各自為營,遺傳信息就是這樣代代相傳,、永不湮滅的,。

  這些由氫,、氧、碳,、氮,、磷等最簡單的元素組成的平淡無奇的化學物質,在億萬年間,,始終流淌的地球生命河道里,。它們就像世代珍藏的族譜,將先輩們的特征和記憶代代流傳,,成就了子子孫孫與生俱來的驕傲和榮光,。

  早在百年前,孟德爾,、埃弗里,、赫爾希-蔡斯等偉大的科學家們,就已經證明了DNA是遺傳物質,,是生命繁衍生息的關鍵,。但人類作為一種高級生命,對DNA的探索,,并不會止步于此,。

  70年前,弗朗西斯·克里克提出了遺傳物質決定生物性狀的過程——中心法則,。

  “中心法則”的核心內容是:DNA通過轉錄和翻譯兩個步驟來指導蛋白質的生產,,進而決定了我們長得多高、單眼皮還是雙眼皮,、擅長音樂還是運動,。

  其中,轉錄指依據DNA雙鏈中的一條鏈,,依據堿基互補配對原則,,生產出信使RNA。而翻譯指將信使RNA中的堿基排列解碼,,每三個堿基對應一個氨基酸,。多個氨基酸脫水縮合形成肽鏈,肽鏈又折疊成為蛋白質,。

  于是,,形形色色的DNA便決定了形形色色的物種和形形色色的人。作為世界上最復雜的生命,,人類繁衍進化了幾十億年,。

  而這些由10的23次個原子組成、以納米為空間尺度,、以微米為空間尺度在三維時空中運動和發(fā)展的物體的全部秘密,,都線性地儲藏在區(qū)區(qū)30億個堿基對組成DNA中,。

  可以說,DNA是世界上信息密度最高的物質,。在不到1微克的重量中,,濃縮了一個生命的過去、現(xiàn)在和將來,。

  對于渴望理解生命奧義的的我們而言,,DNA就像建筑師的藍圖,提供了解析和探索生命的指南,。

  在過去的幾十年間,,遺傳學手段幫助我們理解了許多人類基因的功能。當我們發(fā)現(xiàn)某個疾病患者體內存在某個基因的功能缺失,,便自然而然地將這個基因與他的疾病聯(lián)系在一起,。比如白化病、血友病,,甚至更為復雜的某些癌癥和代謝疾病,,都可以用如此簡單的手段加以研究,。

  緊接著,,我們馬上也可以想象,如果有一天我們能夠改造基因,,就能消滅某些頑疾,,甚至是增強某些機能。

  于是我們真的這么做了,。

  在過去的50年間,,多種基因編輯相繼誕生,讓我們真正成為了生命的設計師,,能夠修改生命的藍圖,,從而治愈某些疾病。

  首先,,要從CRISPR技術說起,,因為這一個,最為有趣,,也最為傳奇,。

  早年間,一些科學家在研究大腸桿菌的時候,,偶然間發(fā)現(xiàn)它的基因組DNA上有一些看起來怪里怪氣的重復結構:有一段29堿基的序列反復出現(xiàn)了5次,,兩兩之間都被32個堿基形成的看起來雜亂無章的序列隔開了。

  大家都知道,,DNA作為遺傳物質,,它的功能就是通過“中心法則”生產蛋白質,。要么直接生產,要么輔助生產,,而這種串聯(lián)起來的重復結構看上去兩者都挨不上邊,。

  幾年后,科學家弗朗西斯科?莫西卡在另一種細菌——地中海嗜鹽菌里又一次發(fā)現(xiàn)了這種古怪的重復序列,。大腸桿菌和地中海嗜鹽菌,,從生活環(huán)境到進化歷史都毫無相似之處可言,這讓他十分疑惑,。

  于是他在海量的微生物中繼續(xù)尋找,,竟然在20種不同微生物中都發(fā)現(xiàn)了類似的重復DNA結構,把它們命名為CRISPR,。

  顯然,,CRISPR不可能是偶然現(xiàn)象,它一定是有著非常重要乃至性命攸關的生物功能,。因為自然選擇不允許這么多毫不相干的物種,,同時保留一段相同的廢物DNA。

  經過漫長的研究,,他終于發(fā)現(xiàn),,這些DNA序列不止存在于細菌中,而是和許多病毒的基因組序列高度一致,。是細菌在基因組里收藏了這些病毒不同角度的快照,。

  這些攜帶著某種病毒信息的CRISPR序列具有病毒疫苗的功能,可以讓細菌免于被這種病毒入侵,。如果把這種CRISPR轉移到另一種細菌中,,也同樣能讓新的細菌具有免疫力。

  和人類的免疫功能類似,。細菌會把細胞內存在的所有DNA都一一抓來和CRISPR序列仔細比對,,一旦發(fā)現(xiàn)兩者完全一致,就意味著病毒在細胞內出現(xiàn)了,,于是立刻啟動防御機制,。

  CRISPR就是細菌的記賬本,每一次遭到病毒入侵,,就會把這個病毒的特征記到本本上,,用于秋后算賬。當那個不知好歹的東西再一次現(xiàn)身時,,便以最快地速度,,重拳出擊。

  具體來說,CRISPR序列會被首先轉錄成RNA分子,,稱為向導RNA,。這個向導RNA會和細胞內的某種名為Cas的蛋白質結合,形成一種核糖核蛋白復合物,,簡稱為RNP,。RNP會像哨兵一樣在細胞里勤勤懇懇地終日巡邏。

  而這位哨兵尋找的對象,,就是任何一段能夠和向導完美配對的DNA分子,。一旦兩者相遇,哨兵就會啟動cas蛋白的切割功能,,將這段DNA切成一個個小的片段,,成功地把敵人給碎尸萬段了。

  這時,,可能有人要問了,,細菌里的CRISPR和人類的基因編輯有什么關系呢?

  那些可憐的遺傳病患者,,他們的DNA與正常DNA通常只有幾個或幾十個堿基不一樣,,要想修正他們的基因組,就要精確地定位到不一樣的地方,。否則,,只放一些小剪刀進去對著DNA長鏈亂剪亂切,這人肯定就活不了了,。

  所以,,如何生產一個GPS,,讓剪刀找到正確的目標再剪,,是一個重要的技術難題。

  而細菌CRISPR系統(tǒng)里的向導RNA就是這個難題的答案,。

  如果我們能夠在體外合成特定的向導RNA,,并讓它能夠特異性識別某些DNA片段,問題不久迎刃而解了嗎,?

  于是,,CRISPR技術便應運誕生了。經過一眾科學家十余年的努力,,我們可以任意地合成向導RNA和Cas蛋白,,由它們倆組成的人工RNP可以通過多種方式被導入細胞,被向導 RNA帶到正確的地方,,再下剪子,。

  但是,可能有人要問了,,如果這把帶GPS的剪子如此好用,,我們現(xiàn)在又為什么依然要受到那些基因缺陷疾病的困擾,?為什么沒有人造生物?為什么沒有實現(xiàn)基因飛升,?

  這時因為,,這些可愛的小剪子,有著一些致命的缺陷,。

  首先,,由于各方面的限制,向導RNA不能太長,,通常也就是20來個堿基對的長度,。要知道,人類DNA上可是有30億堿基對,,區(qū)區(qū)長度為20的堿基片段,,可能在DNA長鏈中隨處可見。

  所以這些可愛的小剪刀在發(fā)揮作用時,,也可能也同時剪到其它奇奇怪怪的地方,,造成各種亂七八糟的突變,導致細胞死亡,。

  其次,,小剪刀在發(fā)揮作用時,需要目標基因的上游存在一個特定的短的堿基序列,,我們稱之為PAM序列,。如果實際操作中,目標基因上游到處都沒有PAM序列,,那么即使小剪刀找到了正確位置,,也無法咔嚓一刀剪下去。

  最后,,小剪刀也是有脾氣的,。有時,它的GPS沒有找到完全匹配的DNA片段,,但小剪刀就是想剪,。于是它便會隨便找一段類似的DNA片段,咔嚓一下剪下去,。然后轉身就走,,深藏功與名。

  以上三種情況,,在專業(yè)術語里,,叫做“脫靶”。

  小剪刀很好用,但奈何小剪刀經常不做人,。因此,,這項技術的實際效果,目前來說并不理想,。

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