丁魁壽在崇禎末年到弘光建立時(shí)一直管轄兩廣地區(qū),。兩廣地處大陸最南,，地理?xiàng)l件又十分好，經(jīng)濟(jì)富庶自然是擁有雄厚的士兵,，割據(jù)一方也是非常輕松的,。然而,，丁魁楚對(duì)于地利的認(rèn)識(shí)卻不同。然而他卻胸?zé)o大志,，日以享樂(lè)為事,。他派水師到肇慶附近的羚羊峽，放干河水,，在斧柯山下的老坑取硯石,。行政用人方面，也是弊端叢生,，“將吏以賄為進(jìn)退”,。當(dāng)鄭家被光化帝收復(fù)以后，他知道下一個(gè)就是他了,，但他經(jīng)營(yíng)多年,，并不想這么輕易的交出自己的地盤(pán)。所以他打算繼續(xù)拿假太子說(shuō)事,，以“立賢立親”為由擁立桂王朱由榔,，以廣州府署為行宮，稱號(hào)永歷,，丁魁壽由于兩廣總督的地位和擁立之功,，被朱由榔任命為首輔。但兩廣的官員并不是都服從他,，在瞿式耜認(rèn)為崇禎皇帝的兒子朱慈烺才是正統(tǒng),，另立新帝就是背叛大明，于理不合,，盡管瞿式耜早就知道丁魁楚包藏禍心,，但苦于實(shí)力差距太大,，只能默默忍耐，私下里早就通過(guò)錦衣衛(wèi)與光化帝取得了聯(lián)系,。
光化帝原本計(jì)劃聯(lián)系上瞿式耜,，就讓他直接去南京任命，畢竟現(xiàn)在他的身邊忠誠(chéng)又有能力的人非常少,。瞿式耜覺(jué)得丁魁楚一直在招兵買馬擴(kuò)充實(shí)力,，遲早會(huì)是朝廷的大敵。他身在廣西桂林,，廣西地形山重水復(fù),，進(jìn)可以攻，退可以守,，是舉足輕重的戰(zhàn)略要地,，未來(lái)一旦丁魁壽反叛朝廷，他就能從背后堵住丁魁楚的退路,，在聯(lián)合朝廷一起夾擊,。
光化帝朱慈烺在剛剛收復(fù)了福建地區(qū)，只休整了十天,，一收到丁魁壽擁立桂王朱由榔的消息,，立馬寫(xiě)了一份檄文，大罵：
丁魁壽在我父皇自縊于煤山后,，不想著匡扶大明江山社稷,，反而擁兵自重，甚至立偽王,，是可忍孰不可忍,，辜負(fù)了父皇對(duì)他的信任，任命他為兩廣總督,，他卻用作私心,，整天飲酒作樂(lè)，魚(yú)肉百姓,，讓我大明子民處于水深火熱之中,。丁魁壽罪大惡極，朕作為大明皇帝,，對(duì)丁魁壽發(fā)布討伐令,，凡參與誅殺丁魁壽的人皆有賞賜。
在當(dāng)年八月份,，光化帝發(fā)兵十萬(wàn)陳子龍帶兵從潮州出發(fā)進(jìn)攻惠州,，何騰蛟帶兵五萬(wàn)從郴州出發(fā)進(jìn)攻梧州和肇慶，另外派錦衣衛(wèi)聯(lián)系鎮(zhèn)守云南、貴州的沐王府沐波帶三萬(wàn)人從昆明出發(fā)與瞿式耜在桂林兵進(jìn)攻雷州,、高州,。由于丁魁壽被三路包圍要處處設(shè)防，雖然在兩廣經(jīng)營(yíng)多年,，已經(jīng)擴(kuò)張到十二萬(wàn)大軍,，但是隨著瞿式耜在廣西突然跟朝廷一起去進(jìn)攻他,，分走了他的兩萬(wàn)多人,，廣東西面的防守出現(xiàn)了巨大的空缺，他不得不收緊防線,，把所有的軍隊(duì)全部聚集到廣州府,，打算跟朝廷的軍隊(duì)大消耗戰(zhàn)，這也讓朝廷的三路大軍進(jìn)攻勢(shì)如破竹,，一路上并沒(méi)有遇到什么抵抗,，便收復(fù)了大半個(gè)廣東。
丁魁壽被光化帝的十五萬(wàn)軍隊(duì)圍困在廣州,，但在他看來(lái)廣州城高兵多,，城里的物資也非常充沛，他完全有信心抵擋一年以上,，甚至更久的時(shí)間也不在話下,，當(dāng)然路都被封死了，完全沒(méi)有逃生的希望,，眼下最好的辦法就是與朝廷達(dá)成和議,。他想著是自己任然有近十萬(wàn)的軍隊(duì)，完全有資格跟光化帝進(jìn)行公平談判,，他愿意廢了桂王朱由榔,，除廣州以外的地盤(pán)全部交由朝廷管轄，只要朝廷能放過(guò)他,，讓他做個(gè)廣州知府就行,，他愿意立馬投降。光化帝在看了兵部尚書(shū)陳子龍寄來(lái)的丁魁壽投降信以后,，直接回復(fù)到丁魁壽必須全部的兵權(quán),，沒(méi)有任何討價(jià)還價(jià)的余地，朕只能答應(yīng)保他全家的性命無(wú)礙,，任何背叛大明的人不得在朝中任職,，如果拒不投降，一旦城破就再也不接受投降,，滅九族,。
在丁魁壽得到光化帝的回復(fù)以后，頓時(shí)心如死灰，眼下最好的辦法就是拼死抵抗,，只要他撐的越久,，死的人越多，他就能有更多的底氣去為自己謀求一線生機(jī),。廣州城在他幾年的經(jīng)營(yíng)下鞏固的堅(jiān)固,，以陳子龍帶的大炮無(wú)法對(duì)廣州城墻造成嚴(yán)重的破壞，當(dāng)天的進(jìn)攻損失慘重,，損失了五千多人也未能占據(jù)一處城墻,，每個(gè)城墻內(nèi)又設(shè)有女墻，時(shí)不時(shí)的打黑槍,，剛登上城墻的士兵,，立馬就被四面八方的弓箭和鳥(niǎo)銃給打死，后面的士兵再也不敢沖到城墻上,。陳子龍不得不在中午的時(shí)候讓士兵撤回去,，將眼下的進(jìn)攻不利的消息匯報(bào)給光化帝。光化帝就住在福州府,，收到了不好的信息,，立馬讓錦衣衛(wèi)通知陳子龍每天向城內(nèi)發(fā)射數(shù)以千計(jì)的箭矢，并在劍上幫著信,，信上寫(xiě)著投降不殺以及朝廷只殺賊首丁魁壽的字樣,，城內(nèi)早在光化帝南下的時(shí)候就讓方元科聯(lián)系駐守的錦衣衛(wèi)在需要的時(shí)候制造一些混亂，此時(shí)廣州城內(nèi)的錦衣衛(wèi)在看到朝廷的來(lái)信以后,，便偷摸著在軍隊(duì)亦或者百姓聚集的地方做起了翻譯,，畢竟那時(shí)候的人大多不識(shí)字，喬裝打扮的錦衣衛(wèi)甚至在丁魁壽大肆擴(kuò)軍的時(shí)候就混到了軍隊(duì)中,，發(fā)布謠言自然也輕輕松松,。
到了第二天，大部分的士兵在知道朝廷不會(huì)亂殺無(wú)辜以后,，丁魁壽的士兵都不愿意頂在城墻的最外邊,，都紛紛后縮，即使丁魁壽把多年積攢的財(cái)物全部放給他們,，即使帶著親衛(wèi)在后面監(jiān)視著也無(wú)濟(jì)于事,，龜縮在城里毫無(wú)逃生的希望，士兵自然也不會(huì)給他賣命,。此時(shí)的丁魁壽急的不行,，在這么下去要完蛋，現(xiàn)在他只有兩種選擇,，一種是開(kāi)城投降,，相信皇帝所謂的留他一命,，另一種是乘著城破的時(shí)候換成百姓的衣服逃出城外。丁魁壽想著自己再不濟(jì)也是做了那么年的兩廣總督,，自己的人脈和能力不管投奔誰(shuí),，都有立足之地，落在皇帝手里肯定活不了了,。于是下定決心,，立馬跟身邊的幾個(gè)親信說(shuō)好各自帶一部分財(cái)物，提前混到混亂不堪的百姓里面,，當(dāng)然這一切都被錦衣衛(wèi)看在眼里,。在丁魁壽只想著逃命以后，廣州城只三天便被攻破了,，幾個(gè)錦衣衛(wèi)偷偷的跟在了他的后面,，剛出城門(mén)就被殺了，這幾個(gè)錦衣衛(wèi)都被賞賜百金,，官升一級(jí)。